Na vrhu ustaškog zapovjednog lanca, odnosno hijerahije, nalazili su se visoki dužnosnici, političari i ideolozi ustaškog pokreta. Glavni pokretač terora i idejni začetnik Nezavisne države hrvatske bio je poglavnik Ante Pavelić. Ustaška ideološka usmjerenja javno su proklamirana već 1933. godine u emigraciji kada su bila prihvaćena ustaška načela kao temeljni zakon ustaške organizacije.
Po ustaškom shvaćanju, hrvatski narod je samosvojan, iz čega je proizašla težnja za stvaranjem neovisne hrvatske države. Rušenje Kraljevine Jugoslavije smatrali su jedinim putem za ostvarenjem svoga cilja, a Srbi su smatrani kolektivno krivima za odnos Karađorđevićeve vlasti prema Hrvatima u Kraljevini Jugoslaviji. U uvodniku prvog broja Ustaše iz veljače 1932. navedeno je da će se "u borbi za svete ciljeve sva sredstva dopuštena, pa i ona najstrašnija"; "nož, revolver, strojna puška i pakleni stroj, to su idoli, to su zvona, koja će navijestiti osvit zore i uskrsnuće Nezavisne Države Hrvatske".
Po uzoru na Treći Reich vlasti NDH prihvatile su nacionalsocijalistička rasna tumačenja na temelju kojih su tijekom svibnja i lipnja 1941. donijele niz rasnih zakonskih odredaba usmjerenih protiv Židova i Roma. Za zakonsku legalizaciju zločina odgovorni su Ante Pavelić, Andrija Artuković, Mirko Puk i ostali članovi vlade NDH i Glavnog ustaškog stana.