Vlasti Nezavisne Države Hrvatske u početku su nastojale pridobiti Muslimane obećavajući im ravnopravnost, slobodu ispovijedanja islamske vjere te pripadnost "arijevskoj" većini.
Dotadašnje muslimansko političko vodstvo (vodstvo Jugoslavenske muslimanske organizacije na čelu s braćom Osmanom i Džaferom Kulenovićem) prišlo je ustaškom pokretu i preuzelo visoke dsužnosti u vladi, upravnom aparatu i oružanim snagama NDH.
Bez obzira na to veliki broj Muslimana stradao je u ustaškim logorima. Već 1941. Muslimani su zatočeni u ustaškim logorima. Bili su to uglavnom komunisti i protivnici ustaškog režima, kojih će narednih godina biti sve više.
Prva skupina Muslimana deportirana je u logor III Ciglana Jasenovac sredinom studenog 1941. Radilo se o skupini od 116 Židova i komunista s područja Sarajeva, među kojima je prema konfesionalnoj pripadnosti bilo 16 Muslimana.
Sljedećih godina zatočenih Muslimana bilo je sve više. Bili su to komunisti i pripadnici narodnooslobodilačkog pokreta iz svih dijelova Bosne i Hercegovine, posebice Sarajeva, Banja Luke te dijelova bosanske Posavine i srednje Bosne.
Malobrojni su uspjeli izbjeći smrt.