JUSP Jasenovac nastoji za svoje zbirke prvenstveno prikupiti osobne predmete, dokumente i fotografije koji su pripadali (stradalim ili preživjelim) zatočenicima logora Jasenovac i Stara Gradiška, te potaknuti preživjele zatočenike ili članove obitelji ubijenih ili umrlih zatočenika da ostave pismeni ili audiovizualni trag o svojoj priči. Muzejska građa prikupljana je kroz donacije pojedinaca koji su preživjeli logor Jasenovac ili članova obitelji žrtava, otkupom od domaćih i inozemnih institucija, arheološkim iskapanjima i terenskim istraživanjima itd. Osim predmeta povezanih sa žrtvama logora, zbirke sačinjavaju dokumenti i fotografije koji svjedoče o brutalnosti ustaškog režima i zločinima počinjenim u koncentracijskom logoru Jasenovac.
U dokumente baštine i muzejsku građu možemo ubrojiti i spomenike kulture koji itekako predstavljaju prošlost neke sredine i društvenih promjena. Tako je spomenik sam po sebi i medij i poruka, jer on, osim vremenskih i prostornih informacija, prenosi informacije o značenju, funkciji, materijalu i obliku vlastitog trajanja. Sudeći prema navedenom, muzejski predmeti u bilo kojem obliku su temelji glavna sastavnica muzejskog zbirnog fonda, bez obzira nalaze li se oni u muzeju ili negdje izvan njega ili su sami po sebi dokument baštine.
Osim muzejskih zbirki, JUSP Jasenovac raspolaže vlastitim arhivom koji svojim sadržajem nadopunjava zbirke, a čine ga kopije preko 5000 dokumenata iz srodnih muzejskih i arhivskih institucija, te privatnih zbirki. Obuhvaća dokumente sa saslušanja ustaških zločinaca, svjedočenja bivših zatočenika i obitelji žrtava, transportne liste, zakonske odredbe ustaških vlasti, popise ubijenih u ustaškim logorima Jasenovac i Stara Gradiška, molbe za otpust iz logora itd.
Donacija Bogdana Bogdanovića (povijesna, umjetnička)
Zbirka crteža i skica spomenika Cvijet koje je muzeju donirao autor spomenika, arhitekt Bogdan Bogdanović. Sastoji se 282 skice arhitektonskog rješenja spomenika Cvijet, a od kojih je dio objavljen u publikaciji „Geneza cvijeta“ u izdanju JUSP Jasenovac.
Zbirka dokumenata (memorijalna, povijesna)
Zbirka velikim dijelom obuhvaća korespondenciju zatočenika koncentracijskih logora Jasenovac i Stara Gradiška s obiteljima, tj. logorske povratne karte koje su bile cenzurirane i ograničene na 25 riječi po dopisnici. Vrijedan dio zbirke su i pisma Ivice Sabljaka, člana tajne logorske partijske organizacije, koja su pisana nevidljivom tintom, a pomoću kojih je logorska organizacija stupila u kontakt sa partizanskim odredima izvan logora. Dio logorskih povratnih karti i pisma Ivice Sabljaka objavljeni su u publikaciji „Jedino moje i ostali! Pisma iz logora“ autorice Maje Kućan. Zbirka sadrži još i osobne dokumente zatočenika te dokumente iz povijesti mjesta Jasenovac.
Zbirka fotografija (biografska, memorijalna, povijesna)
Zbirka obuhvaća oko 1800 fotografija, od kojih su velik broj fotografije zatočenika logora Jasenovac i Stara Gradiška u različitim periodima, najčešće izrađene prije razdoblja Drugog svjetskog rata. U zbirci su još i fotografije ustaša, fotografije iz vremena postojanja logora, te fotografije Zemaljske komisije za ispitivanje zločina okupatora i njihovih pomagača koja je prva izradila fotografije logora Jasenovac nakon oslobođenja. Fotografije razrušenog i uništenog logora Jasenovac prikupio je i objavio viši kustos Đorđe Mihovilović u knjizi „Jasenovac 1945. – 1947.“
Zbirka predmeta (arheološka, dokumentarna, memorijalna, povijesna)
Zbirka trodimenzionalnih predmeta čija je povijest na neki način povezana s koncentracijskim logorom Jasenovac te zatočenicima logora. Sastoji se od osobnih predmeta zatočenika/ca prikupljenih iskopavanjima masovnih grobnica, velikog broja metalnih predmeta, umjetničkih izvedbi nastalih u logoru, te predmeta ustaške provenijencije.
Zbirka umjetnina (memorijalna, umjetnička)
Zbirka obuhvaća deset umjetničkih izvedbi koje su dio Spomen-područja Jasenovac: spomenik Cvijet autora Bogdana Bogdanovića, spomenike na lokalitetima bivših logora, spomen-ploče postavljene ispod memorijalnog drveća, slike, grafike, skulpture.