Nakon oslobođenja ovoga područja, u svibnju 1995. godine, posebna komisija Ministarstva kulture za popis i procjenu ratnih šteta na spomenicima kulture, utvrdila je činjenično stanje.
Utvrđeno je da je iz Memorijalnog muzeja Spomen područja Jasenovac nestalo ili uništeno 7705 muzejskih predmeta i oko 2500 naslova u biblioteci, a ratna šteta na materijalnim sredstvima procijenjena je na 690 570 njemačkih maraka.
Na osnovi mikrofilmiranih knjiga inventara i u suradnji s Ministarstvom kulture RH pripremljena je cjelovita stručna dokumentacija kao podloga za pokretanje zahtjeva za povrat otuđene muzejske, arhivske i dokumentacijske građe Memorijalnog muzeja u Jasenovcu.
Na osnovi Projekta i plana sanacije Spomen područja Jasenovac započelo se s cjelovitim uređenjem i revitalizacijom područja, razminiranjem i hortikulturnim uređenjem okoliša, obnovom zgrade Muzeja i radnih prostorija, istražnim radovima za sanaciju spomenika Cvijet Bogdana Bogdanovića, kao i restauracijom i konzervacijom logorskog spomen vlaka. U suradnji s Hrvatskim željeznicama 1999. obnovljen je prilaz spomeniku, tzv. pasarela, a stručnjaci iz tvornice “Janko Gredelj” obavili su restauraciju i zaštitu spomen vlaka.
U obnovi Spomen područja Jasenovac Ministarstvo kulture Republike Hrvatske sudjelovalo je neposredno osiguranjem potrebnih financijskih sredstava i pružanjem stručne pomoći. U obnovi i uređenju spomeničkog prostora sudjelovale su različitim donacijama pojedine institucije i ustanove u Republici Hrvatskoj: Ministarstvo unutarnjih poslova, Ministarstvo obrane, Ministarstvo obnove i graditeljstva, Hrvatske željeznice, JP Zrinjevac, Hrvatski povijesni muzej, Hrvatski državni arhiv, JKP Jasenovac i Općina Jasenovac.
Sredinom svibnja 1998. godine Ministarstvo kulture RH imenovalo je Povjerenstvo za izradu privremenog muzejskog postava. Osnovna zadaća Povjerenstva bila je da na temelju pristupačne muzejske, arhivske i druge dokumentacijske građe izradi prijedlog muzejskog postava. “Prijedlog muzeološke koncepcije novoga stalnog postava Memorijalnog muzeja Jasenovac” predan je Ministarstvu kulture 3. prosinca 1999.
Imenovanjem Povjerenstva za izradu privremenog muzejskog postava intenzivirao se rad u muzejskoj djelatnosti Spomen područja Jasenovac, tako da su sljedećih godina postavljene tematske izložbe: "Spomen područje Jasenovac 1968.-1999.", "Proboj logoraša 22. travnja 1945.", "Koncentracioni logor Jasenovac: izložba o počecima logorskog sustava, kolovoz 1941.- veljača 1942."
Ministarstvo kulture Republike Hrvatske i JUSP Jasenovac tražili su preko međunarodnih institucija povrat otuđene muzejske građe. Na osnovi ugovora između Muzeja Holokausta u Washingtonu i Minstarstva kulture RH, dio muzejske i arhivske građe Spomen područja Jasenovac (7705 muzejskih predmeta) koja se nalazila u arhivu u Banja Luci, na godinu dana je pohranjen, u listopadu 2000., radi konzerviranja, restauriranja i katalogiziranja u Muzej Holokausta u Washingtonu te u prosincu 2001. godine vraćen u Jasenovac.
Povratom muzejske i arhivske građe počeo je rad na reviziji muzejske građe i dokumentacije. Revizija koja je završena u veljači 2004. obuhvatila je kako vraćenu muzejsku građu i dokumentaciju, tako i onu prikupljenu nastavkom djelatnosti JUSP Jasenovac (od lipnja 1997. do kraja 2003. godine).